SMA Katolik Frateran Maumere, berdiri atas inisiatif anggota Komunitas Frater Bunda Hati Kudus Maumere atau dikenal dengan nama Komunitas Santo Yosef Maumere. Niat mereka mendirikan sekolah ini mendapat dukungan dari masyarakat dan Pemerintah Kabupaten Sikka. Berbekalkan dukungan informal ini anggota komunitas mengajukan permohonan kepada Ketua Yayasan Mardi Wiyata, Dewan Propinsi Frater Bunda Hati Kudus di Malang serta Dewan Pusat Frater Bunda Hati Kudus di Belanda. Namun karena wewenang mendirikan satu unit kerja baru adalah berada di tangan Dewan Propinsi maka Dewan Pusat mengembalikan urusan ini kepada Dewan Propinsi Indonesia.

Dewan Propinsi Indonesia bersama Yayasan Mardi Wiyata mengadakan rapat untuk membicarakan syarat-syarat mendirikan sebuah Sekolah. Dewan Propinsi menyerahkan tugas ini kepada Yayasan Mardi Wiyata guna mengadakan studi kelayakan mendirikan sekolah tersebut serta mengambil langkah-langkah yang diperlukan untuk mendirikan SMA Katolik Frateran di Maumere.

Setelah Yayasan menjalankan tugas ini dan memenuhi persyaratan untuk mendirikan sebuah sekolah maka Dewan Propinsi Indonesia menyetujui permohonan anggota komunitas St. Yosef dan mengajukan permohonan kepada Dewan Pusat Kongregasi Frater Bunda Hati Kudus untuk mendapatkan pengukuhan. Dewan Pusat memberikan pengukuhan atas keputusan Dewan Propinsi Indonesia tahun 2004.

Pada bulan Oktober tahun 2004 dimulailah pembangunan gedung tahap I dengan kontraktor Ir. Herman Riadi. Pembangunan tahap pertama selesai pada waktunya dan pada Tahun Ajaran 2005/2006 dilaksanakan penerimaan murid baru angkatan pertama berjumlah 171 orang. Sebanyak 125 orang dari angkatan ini bertahan hingga Ujian Nasional. Dari jumlah tersebut sebanyak 105 orang meraih kelulusan sedangkan 20 orang lainnya tidak lulus dalam ujian tersebut. Prosentase kelulusan untuk angkatan ini mencapai 84 %. Sekolah ini resmi didirikan pada tanggal 22 Juli 2005 bertepatan dengan peresmian pemakaian gedung ini dalam perayaan Ekaristi yang dipimpin langsung oleh Yang Mulia Uskup Agung Ende (Alm.) Mgr. Abdon Longginus Pr. Peresmian dilakukan oleh Uskup Agung Ende dan Bupati Sikka Drs. Alex Longginus melalui wakil Bupati Drs. Yoseph Ansa Rera. Sementara KBM berjalan, pembangunan tahap II terus dilaksanakan. Enam (6) bulan kemudian pembangunan selesai dengan 18 ruang kelas, Lab IPA, Bahasa, Ruang Multimedia dan ruangan lainnya.

Sekolah ini didirikan dengan mengusung cita-cita yang tinggi yaitu lahirnya sebuah Sekolah Menengah Atas bertaraf Internasional di Kota Maumere. Cita-cita ini tidak disertai upaya Permohonan Izin untuk mendirikan Sekolah Menengah bertaraf Internasional, juga keterbatasan dana dan Sumber Daya Manusia yang masih jauh dari harapan sebagai sekolah Internasional.

Terlepas dari keterbatasan ini, sekolah tetap berupaya untuk mengelola sekolah ini dengan baik dan memberikan pelayanan yang terbaik pula untuk anak-anak muda dari Kabupaten Sikka khususnya dan Kabupaten lain di seantero propinsi NTT umumnya.

Tahun 2008 : Memperoleh Akreditasi "B"

Tahun 2011 : Memperoleh Akreditasi "A"

Tahun 2014 : Memperoleh Akreditasi Yayasan "A"

Tahun 2016 : Memperoleh Akreditasi "A"

erwujudnya warga sekolah yang berkualitas secara intelektual, cerdas, terampil, kompetitif, disiplin, berwawasan IPTEK, peduli lingkungan serta berkepribadian yang dijiwai oleh semangat hati yang merasul"

INDIKATOR VISI SEKOLAH

A. Warga SMA Katolik Frateran Maumere menjadi Pribadi:

1. Beriman
2. Cerdas dan terampil dalam mengelola hidup
3. Kompetitif dalam persaingan global
4. Unggul dalam Ilmu Pengetahuan dan Teknologi

B. Warga SMA Katolik Frateran Maumere yang berkarakter Nasionalis, Mandiri, Berintegritas, Religius dan Gotong royong (berbudi pekerti luhur)

C. Warga SMA Katolik Frateran Maumere disemangati Spiritualitas Hati MERASUL

1. Mengembangkan sekolah sebagai lembaga pendidikan katolik yang bermutu sesuai dengan spritualitas Bunda Hati Kudus.
2. Membudayakan pengamalan nilai-nilai keimanan dan religiositas dalam dalam keseharian pembelajaran dan kehidupan warga sekolah
3. Membangun watak dan kepribadian warga sekolah yang jujur, disiplin, bertanggung jawab dan berwawasan kebangsaan.
4. Menghasilkan lulusan yang cerdas, terampil, berdaya saing menghadapi abad 21 dan berbudi pekerti luhur.
5. Menghasilkan lulusan yang mandiri, unggul, selaras, terampil, inovatif, kreatif dan aktif  ( Mustika).
6. Mewujudkan mutu proses pembelajaran sesuai dengan prinsip pembelajaran abad 21 (berpikir kritis, komunikatif, kolaboratif dan kreatif (4C)) serta berorientasi pada hasil dan prestasi.
7. Menciptakan budaya sekolah yang berdisiplin, berbela rasa terhadap sesama dan cinta lingkungan.
   Mewujudkan budaya sekolah yang dijiwai oleh semangat hati yang merasul.

Laboratorium Komputer:

Laboratorium Fisika

Laboratorium Biologi

Laboratorium Bahasa

Perpusatakaan

Kantin

Peralatan Musik

UKS (Usaha Kesehatan Sekolah)