SMA Katolik Frateran Maumere, berdiri atas inisiatif anggota Komunitas Frater Bunda Hati Kudus Maumere atau dikenal dengan nama Komunitas Santo Yosef Maumere. Niat mereka mendirikan sekolah ini mendapat dukungan dari masyarakat dan Pemerintah Kabupaten Sikka. Berbekalkan dukungan informal ini anggota komunitas mengajukan permohonan kepada Ketua Yayasan Mardi Wiyata, Dewan Propinsi Frater Bunda Hati Kudus di Malang serta Dewan Pusat Frater Bunda Hati Kudus di Belanda. Namun karena wewenang mendirikan satu unit kerja baru adalah berada di tangan Dewan Propinsi maka Dewan Pusat mengembalikan urusan ini kepada Dewan Propinsi Indonesia.
Dewan Propinsi Indonesia bersama Yayasan Mardi Wiyata mengadakan rapat untuk membicarakan syarat-syarat mendirikan sebuah Sekolah. Dewan Propinsi menyerahkan tugas ini kepada Yayasan Mardi Wiyata guna mengadakan studi kelayakan mendirikan sekolah tersebut serta mengambil langkah-langkah yang diperlukan untuk mendirikan SMA Katolik Frateran di Maumere.
Setelah Yayasan menjalankan tugas ini dan memenuhi persyaratan untuk mendirikan sebuah sekolah maka Dewan Propinsi Indonesia menyetujui permohonan anggota komunitas St. Yosef dan mengajukan permohonan kepada Dewan Pusat Kongregasi Frater Bunda Hati Kudus untuk mendapatkan pengukuhan. Dewan Pusat memberikan pengukuhan atas keputusan Dewan Propinsi Indonesia tahun 2004.
Pada bulan Oktober tahun 2004 dimulailah pembangunan gedung tahap I dengan kontraktor Ir. Herman Riadi. Pembangunan tahap pertama selesai pada waktunya dan pada Tahun Ajaran 2005/2006 dilaksanakan penerimaan murid baru angkatan pertama berjumlah 171 orang. Sebanyak 125 orang dari angkatan ini bertahan hingga Ujian Nasional. Dari jumlah tersebut sebanyak 105 orang meraih kelulusan sedangkan 20 orang lainnya tidak lulus dalam ujian tersebut. Prosentase kelulusan untuk angkatan ini mencapai 84 %. Sekolah ini resmi didirikan pada tanggal 22 Juli 2005 bertepatan dengan peresmian pemakaian gedung ini dalam perayaan Ekaristi yang dipimpin langsung oleh Yang Mulia Uskup Agung Ende (Alm.) Mgr. Abdon Longginus Pr. Peresmian dilakukan oleh Uskup Agung Ende dan Bupati Sikka Drs. Alex Longginus melalui wakil Bupati Drs. Yoseph Ansa Rera. Sementara KBM berjalan, pembangunan tahap II terus dilaksanakan. Enam (6) bulan kemudian pembangunan selesai dengan 18 ruang kelas, Lab IPA, Bahasa, Ruang Multimedia dan ruangan lainnya.
Sekolah ini didirikan dengan mengusung cita-cita yang tinggi yaitu lahirnya sebuah Sekolah Menengah Atas bertaraf Internasional di Kota Maumere. Cita-cita ini tidak disertai upaya Permohonan Izin untuk mendirikan Sekolah Menengah bertaraf Internasional, juga keterbatasan dana dan Sumber Daya Manusia yang masih jauh dari harapan sebagai sekolah Internasional.
Terlepas dari keterbatasan ini, sekolah tetap berupaya untuk mengelola sekolah ini dengan baik dan memberikan pelayanan yang terbaik pula untuk anak-anak muda dari Kabupaten Sikka khususnya dan Kabupaten lain di seantero propinsi NTT umumnya.
Tahun 2008 : Memperoleh Akreditasi "B"
Tahun 2011 : Memperoleh Akreditasi "A"
Tahun 2014 : Memperoleh Akreditasi Yayasan "A"
Tahun 2016 : Memperoleh Akreditasi "A"
class="blockquote">Terwujudnya peserta didik yang berprofil pelajar Pancasila
dan dijiwai oleh semangat hati
yang merasul
INDIKATOR VISI SEKOLAH
1)Â Â Â Â Â Â Â Memiliki sikap beriman dan bertaqwa kepada Tuhan Yang Maha Esa, dan berakhlak mulia (uhek mudeng manar delor tora amapu, plewo plewan meten paok tora deot amapu nora modung tajung mio maor).
2)Â Â Â Â Â Â Â Memiliki sikap yang berkebhinekaan global (nian pengan tana klewang, tana iur daa loen).
3)Â Â Â Â Â Â Â Memiliki sikap gotong royong (witi kikir rema epak).
4)Â Â Â Â Â Â Â Memiliki sikap mandiri (sike widen sude dadin).
5)Â Â Â Â Â Â Â Memiliki kemampuan bernalar kritis (huk nisi near noneng ).
6)Â Â Â Â Â Â Â Memiliki kemampuan berkreativitas ((huk naha du liman klereng, dena naha du rupa-rupa).
7)Â Â Â Â Â Â Â Memiliki spiritualitas hati yang merasul
a.        Mencintai dan melakukan keadilan agar sesama mengalami Tuhan.
b.       Berkembang menuju kedewasaan dengan mendapat perhatian seimbang.
c.        Setia yang satu kepada yang lain.
d.       Saling menerima sebagai saudara.
e.        Mengusahakan kerukunan.
3) Mengembangkan sikap peduli lingkungan yang aman, hijau, sejuk, bersih dan nyaman sebagai aktualisasi dari sekolah adiwiyata.
4) Melaksanakan musyawarah untuk mufakat dalam mengambil keputusan.
5) Menjalin networking dengan lembaga-lembaga pendidikan, pemerintah maupun dunia usaha dan industri baik regional,nasional maupun intenasional.
6) Mengembangkan rasa cinta terhadap budaya bangsa sendiri dan menghargai kebudayaan bangsa lain.
7) Menanamkan sikap gotong royong dalam pembelajaran kolaborasi dan kegiatan sosial.
8) Menciptakan pembelajaran yang mampu mengasah sikap kritis dan kreativitas siswa agar dapat menghasilkan karya cipta sendiri dan bermanfaat bagi masyarakat.
9) Menciptakan pembelajaran yang mengarah kepada High Order Thinking Skill.
10) Menciptakan pembelajaran student center dan berdiferensiasi.
11) Menanamkan sikap spiritualitas hati yang merasul baik dalam kegiatan intrakurikuler, projek penguatan profil pelajar Pancasila dan ekstrakurikuler.